يتكون شعار المركز من كتاب مفتوح كرمز للمعرفة المتجددة عن حضارة وتراث الفيوم وخلفه الساقية كرمز للسواقي التي تشتهر بها محافظة الفيوم ويتوسط الكتاب المفتوح شعار جامعة الفيوم.
ويتكون شعار جامعة الفيوم من نهر النيل العظيم بدلتاه مكوناً حرف (F) بداية كلمة الفيوم باللغة الإنجليزية ويمثل الموقع الجغرافي لمحافظة الفيوم
طاقة نور أعلى قبة الجامعة ويحيط بكل ذلك ساقية الفيوم الشهيرة ويعبر اللون الأخضر عن الخضرة التي تتمتع بها واحة الفيوم ويعبر اللون الأزرق عن مياه نهر النيل وبحيرتي قارون والريان ليؤكد أن الفيوم واحة خضراء وسط الصحراء وجامعتها مركزاً للمعرفة والإشعاع الثقافي والحضاري لكافة أرجاء المعمورة.